Norn9: Norn + Nonette

小学生の鈴原空汰は、国会議事堂の見学の最中に大正時代にタイムスリップしてしまう。空汰は、空を旅する巨大船「ノルン」の行き先が「世界」と呼ばれるものだと知り、自分のいた時代へ戻る方法を知る鍵が「世界」にあるのではないかと「ノルン」に乗船することを決める。その船の中で出会ったのは、特殊能力を持つ11人の少年少女達。そんなある日、船は襲撃を受け、内側から爆破される。船を狙う外部犯と乗船者の中に内通者がいることが明るみとなり、少年少女達は正体不明の内通者を見つけるため、二人一組でペアを組んでお互いを見張ることになった――。